Valdés Domínguez había nacido el 10 de julio de 1853. Fue uno de tantos niños abandonados en la Real Casa de Beneficencia de La Habana, de allí, junto a otro niño de nombre Eusebio, salió a los pocos días de su nacimiento, para ser ambos adoptados por la hermana de José Mariano Domínguez Salvajauregui, Capellán del Ejército Español que se establece en Cuba en la década del veinte del siglo XIX; por eso ambos llevaron como primer apellido el Valdés de la tristemente célebre Casa Cuna.
La condición eclesiástica de José Mariano Domínguez no le permitió adoptar a los niños pero los quiso hasta su muerte como a sus propios hijos, que fueron criados por Merced Quintanó a la que reconocen como madre.
Fermín estudió junto a Martí desde muy niño en el habanero Colegio San Anacleto y luego, desde 1865 en la Escuela Primaria Superior de Varones, cita en Prado esquina a la calle Ánimas número 66 en La Habana, dirigida por el maestro y poeta Rafael María de Mendive hombre de pensamiento independentista que ejerció una decisiva influencia en la ideología de estos amigos.
El 22 de enero de 1869, el Cuerpo de Voluntarios españoles atacan al Teatro Villanueva del cual era dueña la familia de Mendive, que en el contexto de la sangrienta represión que se desató posteriormente, fue deportado por lo que el colegio San Pablo fue clausurado y sus alumnos distribuidos en otros centros de enseñanza, así llegan José Martí Fermín Valdés Domínguez al Instituto de Segunda Enseñanza de La Habana.
De esta etapa recuerda Valdés Domínguez en su Diario de Soldado (La Habana, 1972): « (…) Éramos ya íntimos amigos, cuando fuimos al Instituto de Segunda Enseñanza de La Habana. Pero en el año 1867 nos unimos Martí y yo en el más leal afecto, y como hermanos, nos buscábamos en las horas de estudio y en las aulas del Colegio San Pablo (…)»
Los Voluntarios registran la casa de la familia Valdés Domínguez en octubre de 1869 y encuentran una carta dirigida a Carlos de Castro, ex alumno de Mendive que se había alistado en la fuerza de Voluntarios, y en la cual Martí y Fermín le preguntaban si conocía la pena que daban los antiguos a los «apóstatas», que no era otra que la ejecución, por lo que se les acusa de amenazar de muerte a un miembro de ese Cuerpo y de infidencia en un juicio celebrado el 4 de marzo de 1870 , en el que ambos trataron de salvar al otro asumiendo la responsabilidad de redactar la carta, pero la vehemencia del alegato de Martí, lo condenó como mayor culpable a seis años de prisión con trabajo forzado, y a Fermín Valdés a seis meses de prisión mayor, en el Castillo de San Carlos de la Cabaña.
Después de cumplir su condena, Valdés Domínguez matricula la carrera de Medicina en la Real y Literaria Universidad de La Habana; recién comenzado el curso, se ve envuelto en los acontecimientos que culminaron con un amañado proceso político que condenó a muerte a ocho estudiantes de Medicina de primer año, y encarceló al resto de la clase, entre ellos, a Fermín, que se trazó el firme propósito de denunciar el crimen, demostrar la inocencia de sus condiscípulos y rendirle el tributo que merecían como mártires de la patria.
Cumple un año de prisión y sale por un indulto real deportado a España donde en Madrid lo espera Martí; junto a él compartió durante mucho tiempo las maravillas de ese país y su rica vida cultural. Comienza a asistir a reuniones de la Logia Armonía 52 junto a otros jóvenes cubanos; en junio de 1872 matricula en la Universidad Central de Madrid; luego los continúa en la Universidad Literaria de Zaragoza.
Culmina sus estudios de Medicina y Cirugía en España, y el 2 de enero de 1876 llega a La Habana procedente de Cádiz; el 22 de abril de ese año solicita al rector de la Universidad de La Habana que se le autorice a ejercer como médico, petición que no fue autorizada el 29 de abril de 1878.
En 1877 había sido admitido como miembro de número de la Sociedad Antropológica de la Isla de Cuba y reanudó su militancia masónica en la Logia Fe Nº 6 donde fue elegido «Orador», y por estos días fue nombrado Comisionado por la Logia Perseverancia Nº 13 de Cárdenas, ante la Gran Logia.
Ejerció la Medicina en Matanzas y en La Habana; en la capital despliega una gran actividad como divulgador científico e higienista, y también escribe y publica un grupo de artículos de crítica literaria, cultura y ciencias.
Gonzalo de Castañón hijo, arriba a La Habana en enero de 1887; viene con la intención de exhumar los restos de su padre; Valdés Domínguez, al conocer la noticia le escribe:
«Señor Castañón: No en nombre de los que como yo sobrevivimos a los sucesos del 27 de noviembre de 1871, sino en memoria de mis compañeros muertos, vengo a suplicarle que tenga la bondad de darme una carta en donde conste que ha encontrado Ud. sano el cristal y sana la lápida que cubre el nicho de su señor padre, desmintiendo este hecho el estigma de profanadores que llevó a la muerte a niños inocentes».
Logra esta confirmación y solicita al periódico La Lucha la publicación (19 de enero de 1887), de los testimonios de Fernando Castañón y del periodista José F. Triay que corroboraban que la tumba de Castañón no había sido profanada lo que probaba públicamente la inocencia de los jóvenes mártires.
Luego, comenzó Valdés Domínguez la búsqueda de los restos de los estudiantes que fueron encontrados el día 9 de marzo de 1887 y trasladados al panteón de la familia Álvarez de la Campa.
De inmediato preside una comisión que convocó a una suscripción pública, apoyada por algunos periódicos habaneros, para levantar una tumba monumental a la memoria de los muertos; muchos fueron los contribuyentes.
Fermín preparó una nueva versión del libro que sobre los hechos había publicado en España, ahora bajo el título, «El 27 de noviembre de 1871», en una edición de cuatro mil ejemplares salida en marzo de 1887 y agotada rápidamente. Todo lo recaudado por ese concepto fue dedicado al mausoleo, al igual que los ingresos por la venta de la segunda edición, con nuevos capítulos.
En este volumen Fermín Valdés Domínguez explica:
«Exhumados ya los restos de mis ocho compañeros, varios periódicos iniciaron una suscripción pública, con objeto de erigirles un modesto mausoleo […] en breve se erigirá ese piadoso monumento, bajo el que quedarán aquellos preciados restos, que han de ser siempre venerados por todos los cubanos y respetados por los que saben llorar las desgracias de la patria».
Ambos homenajes escultóricos, tanto el funerario como el conocido de La Punta, resultaron ser como deseó Fermín Valdés Domínguez, «el más elocuente tributo de amor y de piedad de nuestro pueblo».
La admiración de Fermín por Martí recibió una similar respuesta; al Maestro en reiteradas ocasiones lo llamó «Fermín del alma», y también se refirió a él como «El amigo mejor, el buen hermano».
Muchos fueron los momentos en que José Martí resaltó la actitud de Valdés Domínguez en cuanto a la reivindicación de los jóvenes fusilados.
En 1894, en el periódico Patria lo calificó como «Vengador del bestial crimen del 27 de noviembre de 1871»; en una carta del 28 de febrero de 1887, le expresó al amigo: “Tú has hecho, con singular elevación, lo que acaso nadie más que tu hubiera determinado a hacer. Lo has hecho sin pompa y sin odio, como se hacen las cosas verdaderamente grandes”, y en otra ocasión expresó: « ¡Ah! Ese hombre no ha vindicado solamente a los estudiantes de medicina, ese hombre ha vindicado a la sociedad de Cuba».
Fermín Valdés Domínguez se incorporó a la guerra del 95 después de la caída en combate del Apóstol; peleó bajo las órdenes de Serafín Sánchez, Carlos Roloff y José Maceo; ocupó responsabilidades en el campo de la sanidad militar y terminó la campaña como jefe de despacho de Máximo Gómez y llegó a alcanzar el grado de Coronel del Ejército Libertador, el 23 de diciembre de 1896.
Durante la guerra escribió su Diario de soldado, en el cual aparecen sus impresiones de la conflagración y de las personalidades qu en ella participaron. Este libro fue publicado en cuatro tomos en La Habana, en 1972.
El Coronel mambí, médico-cirujano y periodista Fermín Valdés Domínguez, terminada la contienda independentista retoma su profesión y nunca ocupó ningún cargo en la República mediatizada.
Integró la Junta Patriótica de La Habana, fundada el 10 de octubre de 1907 para oponerse a la los intereses anexionistas de algunos cubanos admiradores de los Estados Unidos. Durante la República no ocupó nunca cargos públicos.
Gravemente enfermo, muere el 13 de junio de 1910, en su casa de siempre, en Industria 122, a los 56 años, con la conciencia y el alma, limpias y la satisfacción de haber comprobado la inocencia de sus compañeros y la brutalidad absurda del totalitarismo español.
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